基於連鎖不平衡的標簽SNP預測培訓課程(PDF 45頁）

1 緒論
1 設T 為非空集，P=Q=G；
1.1 課題來源
1.2 研究背景、目的、意義
1.3 國內外研究狀況
1.3.1 從基因型數據集中預測標簽 SNP
1.3.2 單體型推斷方法
1.3.3 從單體型數據集中預測標簽 SNP
1.4 主要研究工作
2.1 前言
2.2 SNP 概念簡要介紹
2.3 連鎖不平衡的概念
2.4 單體域的定義與構建
2.4.1 基於單體型多樣性的定義
2.4.2 基於連鎖不平衡的定義
2.5 本章小結
3 基於連鎖不平衡的標簽SNP 預測
3 對每個|C（am）|=0 的am，加入T，並從Q 中刪除；
3.1 前言
3.2 單體域的劃分
3.3 基於連鎖不平衡的標簽 SNP 集預測
3.3.1 貪心算法
3.3.2 窮舉算法
3.4 融合統計特征預測最佳標簽 SNP 集
3.5 標簽 SNP 預測程序tagSNPPRE 流程圖
4 標簽SNP 預測結果和討論
4.1 前言
4.2 數據集
4.3 預測結果及分析
4.4 討論
4.4.1 標簽 SNP 預測結果分析
4.4.2 可改進措施
5 SNP 數據庫的初步構建
5 重複步驟2-4，直到Q 為空集。
5.1 前言
5.2 SNP 相關數據資源介紹
5.2.1 單核苷酸多態性數據庫（dbSNP）
5.2.2 SNP 研究聯盟（The SNP Consortium, TSC）提供的數據庫
5.2.3 人類基因組突變數據庫（The Human Genome Variation, HGVbase）
5.2.4 人類基因組單體型圖（haplotype map,HapMap）
5.3 SNP 數據庫的初步建立
圖 2.1 SNP 等位基因位點示意圖
圖 2.2 SNP 基因型，單體型及標簽SNP 示意圖
圖 3.1 標簽SNP 預測程序tagSNPPRE 流程圖
圖 4.1 Haploview 軟件中劃分的單體域示意圖
圖 5.1 SNP 數據庫檢索頁麵
圖 5.2 SNP 數據庫結果顯示頁麵
表 4.1 tagSNPPRE 與Tagger 的單體域劃分結果比較
表 4.2 tagSNPPRE 劃分的單體域分布表
表 5.2 ID Numbers 檢索選項圖
表4.2 所示。
表4.3 tagSNPPRE 與Tagger 的tagSNP 預測結果比較
表5.1 數據庫元組信息數據分析報告
表5.3 Locus Information 檢索選項圖
表5.4 Submission Information 檢索選項圖
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