生物信息技術概述(PPT 129頁)

生物信息技術項目3 進化樹的構建
項目3 課程導學
項目任務
學習內容
分子進化與係統發育
內容提要
分子進化研究的目的
係統發育樹: 術語
分子進化研究的基礎（假設）
分子進化研究的基礎（理論）
分子進化研究的基礎（實際）
分子鍾理論
速率恒定的證據：血色素
中性理論
進化及遺傳模型
2.進化分支圖，進化樹
無根樹和有根樹：潛在的數目
4.基因樹，物種樹
係統發育樹重建分析步驟
最大簡約法 (MP)
信息位點 (Sites are informative)
上 例
2. 距離法
NJ法/鄰接法
NJ/鄰接法
找到距離最近的兩個點
UPGMA法
最大似然法 (ML)
Phylip軟件包介紹
Phylip軟件包分組介紹
Phylip軟件包的文檔
Phylip軟件包的應用
實際應用（從蛋白序列推導進化樹）
實際操作
加入統計分析(bootstrap)
Bootstrap分析
PAUP*的使用
PAUP*的Nexus的文件塊
一個PAUP*的基本分析實例
分析…（開始一）
分析…（開始二）
分析…（建樹一）
分析… （建樹二）
分析… （建樹三）
分析… （建樹四）
分析… （建樹五）
分析… （建樹六）
分析…（樹評估一）
分析… （樹評估二）
分析… （樹評估三）
分析… （樹評估四）
分析… （樹評估五）
分析… （樹評估六）
分析… （樹評估七）
分析… （樹評估八）
分析結束之前
退出
一些有用的命令
Paup塊的一個例子
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